Institution de la religion chrétienne
Latin: 1536, 1539, 1543, 1545, 1550, 1553, 1554, 1559, 1561, 1568, 1569, 1576, 1585, 1590, 1592, 1602, 1606, 1607, 1612, 1617, 1618
Français: 1541, 1545, 1551, 1553, 1554, 1557, 1560, 1561, 1562, 1563, 1564, 1565, 1566, 1818 (t. 1 et t. 2)
Publications partielles
De praedestinatione et providentia Dei. De libertate christiana, 1550
De vita hominis christiani, 1550
COMMENTAIRES BIBLIQUES
Pentateuque
Latin: 1563, 1573, 1583, 1595
Français: 1564
Genèse
Latin: 1554
Français : 1554
Josué
Latin: 1564, 1565, 1575, 1595
Français: 1564, 1565
Psaumes
Latin: 1557, 1564, 1578
Français: 1558, 1561, 1563
Isaïe
Latin: 1551, 1559, 1570, 1583
Français: 1552, 1572
Nouveau Testament
Français: t. 1, t. 2, t. 3 et t. 4 (1854-1855)
Evangiles et Actes
Français: 1561, 1562, 1563
Quatre Evangiles
Latin: 1555, 1560, 1563, 1572, 1582, 1595
Français: 1558, 1559
Evangile de Jean
Latin: 1553, 1572, 1582, 1595
Français: 1553
Actes des Apôtres
Latin: livre 1 (1552), livre 2 (1554), livres 1-2 (1554, 1560-1561, 1564, 1573, 1584)
Français: livre 1 (1552), livre 2 (1554)
Epîtres du Nouveau Testament
Latin: 1556, 1565, 1572, 1579, 1580, 1600
Français: 1556, 1560, 1561, 1562
Epîtres pauliniennes
Latin: 1551, 1557
Epître aux Romains
Latin: 1540
Français: 1543, 1545, 1550
Epîtres aux Corinthiens
Latin: 1546 (1re), 1548 (2e)
Français: 1547
Epîtres aux Galates, aux Ephésiens, aux Philippiens, aux Colossiens
Latin: 1548
Français: 1548
Epîtres à Timothée
Latin: 1548
Français: 1548
Epître à Tite
Latin : 1550
Français : 1550
Epîtres à Timothée et à Tite
Français: 1561, 1563
Epître aux Hébreux
Latin: 1549
Français: 1549
Epîtres catholiques
Latin: 1551, 1554
Français: 1551, 1562
Epître de Jacques
Français: 1550
Epître de Pierre
Français: 1551
Epître de Jean
Français: 1551
Epître de Jude
Français: 1542, 1551
LEÇONS
Jérémie
Latin: 1563, 1576, 1589
Français: 1565
Ezéchiel
Latin: 1565, 1583
Français: 1565
Daniel
Latin: 1561, 1571, 1591
Français: 1562, 1569
Douze petits prophètes
Latin: 1559, 1567, 1581
Français: 1560, 1563, 1565
Osée
Latin: 1557
Français: 1557
CONGRÉGATIONS
Congrégation sur l’élection éternelle de Dieu, 1562
SERMONS
Homiliae sive Conciones VII, 1556
Genèse
Dix-huit sermons sur Melchisédech et la justification, 1560, 1565
Trois sermons sur le sacrifice d’Abraham, 1561
Exode
Sermons sur les dix commandements, 1557, 1558, 1559, 1562
Deutéronome
Sermons sur le Deutéronome, 1567
Job
Sermons sur le livre de Job, 1563, 1569
Latin: 1593
Psaumes
Quatre sermons avec exposition du Psaume 87, 1552
Latin: 1553
Six sermons, à savoir quatre exhortatifs et deux où il est traité du seul moyenneur, 1555
Deux sermons faits en la ville de Genève, 1545
Vingt-deux sermons sur le Psaume 119, 1554, 1562
Isaïe
Sermons sur le cantique que fit le bon roi Ezéchias, 1562
Daniel
Quarante-sept sermons sur les huit derniers chapitres des prophéties de Daniel, 1562, 1569
Evangiles
Plusieurs sermons touchant la divinité, humanité et nativité de Notre Seigneur Jésus-Christ, 1558, 1559, 1563
Soixante-cinq sermons sur l’Harmonie ou Concordance des trois Evangélistes, 1562, 1590
Epîtres pauliniennes
Sermons sur le 10e et 11e chapitre de la première Épistre aux Corinthiens, 1563
Sermons sur l’Epître aux Galates, 1563, 1574 (English)
Sermons sur l’Epître aux Éphesiens, 1562
Sermons sur les deux Epîtres à Timothée et sur l’Epître à Tite, 1561, 1563
Deux sermons pris de la première Epître à Timothée au second chapitre, 1555
OUVRAGES DIDACTIQUES ET POLÉMIQUES
Epistolae duae de rebus hoc saeculo cognitu necessariis, 1537, 1550
Sadoleti Epistola. Calvini responsio, 1539, 1540
Seconde déclaration du comte de Fürstenberg, 1540
Actes de la diète de Ratisbonne, 1541, 1542
Petit traicté de la Sainte Cène
Français : 1541, 1542, 1545, 1549
Latin : 1545
Psychopannychie
Français : 1558, 1558
Latin : 1542, 1545
Deux épitres, l’une démontre comment Jésus-Christ est la fin de la loi, l’autre pour consoler les fidèles qui souffrent persécution, 1545
Réponse aux calomnies de Pighius
Français : 1560
Latin : 1543
Supplication et remontrance sur le fait de la chrétienté
Français : 1544
Latin : Supplex exhoratio ad Carolum Quintum, 1543
Traité des reliques
Français : 1544, 1545, 1557, 1563
Latin : 1548
English : 1870
Petit traité montrant que doit faire un fidèle entre les papistes
Français : 1543, 1545, 1551, 1558
Latin : De vitandis superstitionibus, 1549, 1550
Avertissement sur la censure de la Sorbonne, 1544
Articles de la Faculté de Paris avec le remède
Français : 1544, 1555
Latin : Articuli Facultatis Parisiensis cum antidoto, 1544
Brève instruction contre les anabaptistes
Français : 1544, 1545
Latin : 1546
Chant de victoire à Jésus-Christ
Latin : Epinicion Christo cantatum, 1544
Excuse à Messieurs les Nicodémites, 1544
Admonitio paterna ad Caesarem
Latin : 1545
Contre la secte fantastique des libertins
Français : 1545, 1547
Latin : 1546
Pro Farello adversus Petri Caroli calumnias defensio, 1545
Histoire d’un meurtre en la personne de Jean Diaz, 1546
Actes du synode de Trente avec le remède
Latin : 1547
Français : 1548
Excuse de Jacques de Bourgogne
Français : 1547
Latin : 1548
Intérim avec la vraie façon de réformer l’Eglise
Français : 1549
Latin : 1549 (1re éd.), 1549 (2e éd.)
Appendix libelli adversus Interim, 1550
Avertissement contre l’astrologie judiciaire
Français : 1549
Latin : 1549
Des scandales
Français : 1550, 1560
Latin : 1550, 1551
De l’éternelle prédestination de Dieu
Français : 1552
Latin : 1552
Déclaration pour maintenir la vraie foi de la Trinité
Français : 1554
Latin : 1554
Brève résolution sur les disputes quant aux sacrements
Français: 1555
Latin: 1555
Secunda defensio de sacramentis fidei, contra Westphali calumnias, 1556
Réponse aux calomnies contre la prédestination
Français: 1559
Latin: Brevis responsio ad diluendas nebulonis calumnias, 1557
Dernier avertissement à Westphal
Latin: Ultima admonitio ad Westphalum, 1557
Les calomnies d’un trublion avec la réponse
Latin : Calumniae nebulonis cujusdam de occulta Dei providentia cum responsione, 1558
Explication sur la participation au corps et au sang du Christ. Réponse aux Polonais contre Stancaro
Latin: Dilucida explicatio de vera participatione carnis et sanguinis Christi. Responsum ad fratres Polonos ad refutandum Stancari errorem, 1561
Congratulation à Gabriel de Saconay
Français: 1561
Latin: 1561
Impietas Valentini Gentilis detecta, 1561
Réponse à un cauteleux et rusé moyenneur
Latin: Responsio ad versipellem mediatorem, 1561
Responsio ad Balduini convicia, 1562
Brevis admonitio ad fratres Polonos, 1563
Epistola qua fidem admonitionis apud Polonos confirmat, 1563
DIVERS
Catéchisme
Français : 1549, 1553, 1570 (latin-français)
Grec-Latin : 1551, 1563, 1565, 1575
Italien : 1550
Forme des prières
Français : 1549, 1552, 1553, 1556, 1595 (avec le Catéchisme et la Confession de foi)
English : 1556
Ordonnances ecclésiastiques de l’Église de Genève
Français : 1561, 1562, 1577, 1578
Ordre du Collège
Français : 1559
Latin : Leges Academiae Genevensis, 1559
In L. Annæi Senecæ de clementia commentarii
Latin: 1532, 1576, 1597
Concordance ou Harmonie des Evangiles
Français: 1555, 1558, 1559, 1561, 1562, 1563
Latin: 1555, 1560, 1563, 1572, 1582, 1595
Accord touchant la matière des sacrements
Français: 1551
Latin: Consensio mutua in re sacramentaria, 1551
RECUEILS D’ŒUVRES
Français: Recueil des opuscules, 1566, 1842
Latin : Opuscula in unum volumen collecta = Tractatus theologici omnes, 1552, 1563, 1576, 1597