Confession de la foi chrétienne, 1559, 1561, 1561, 1562, 1563, 1563, 1563, 1564
Confessio christianae fidei, 1560, 1563, 1570, 1577, 1583, 1595 (traduction du précédent)
Table contenant les principaux points de la religion chrestienne, 1560 (sur la double prédestination)
Colloque de Poissy (1561)
Harangues au colloque de Poissy, 1561
Première harangue, 1561
Seconde harangue, 1561
Troisième harangue, 1561
Ample discours des actes de Poissy, 1561
De pace christianarum, 1566
Tractationes theologicae, 1570 (t. 1), 1573 (t. 2), 1576 (t. 1-2), 1582 (t. 1-3)
Quaestiones et responsiones, Pt. 1 (1570, 1571, 1573, 1577, 1580, 1584, 1587, 1601) et Pt. 2 (1576, 1577, 1581, 1587, 1600)
Questions et réponses, Pt. 1 (1572), Pt. 2 (1584) (traduction du précédent)
Epistolae theologicae, 1573
Lex Dei moralis, ceremonialis et politica, 1577
De hypostatica duarum in Christo naturarum unione, 1579
De veris et visibilibus Ecclesiae catholicae notis, 1579
Traité des vraies essentielles et visibles marques de la vraie Eglise catholique, 1592 (traduction du précédent)
Harmonia confessionum, 1581 (avec Jean-François Salvard)
De praedestinationis doctrina, 1582, 1583
Pamphlets
Zographia Cochleae, 1549 (contre Jean Cochlaeus)
Epistola Passavantii, 1553, 1555, 1568, 1584, v. 1600 (contre Pierre Lizet)
Le Passavant, texte latin et traduction française, 1875 (1553)
Antoine Catelan, Passevent parisien respondant à Pasquin romain, 1875 (1556)
Satyres chrétiennes de la cuisine papale, 1560
Satyres chrétiennes de la cuisine papale, éd. par François Chamay, 2005
Réponse à la lettre d’un gentilhomme savoisien, 1598 (contre Antoine de Saint-Michel d’Avully)
Controverse
De haereticis a civili magistratu puniendis, 1554 (affaire Servet, réponse au De haereticis an sint persequendi de Sébastien Castellion)
Traité de l’autorité du magistrat en la punition des hérétiques, 1560 (traduction du précédent)
Ad sycophantarum quorundam calumnias, 1558 (de la prédestination, contre les disciples de Sébastien Castellion)
Response aux argumens et calomnies d’un qui s’efforce de renverser la doctrine de la providence, 1559 (traduction du précédent)
De Coena Domini, 1559 (contre Joachim Westphal)
Kreophagia, sive Cyclops, 1561 (contre Tilemann Hesshusen et la consubstantiation)
Ad Francisci Balduini convicia, 1565 (contre François Bauduin)
Responsio ad defensiones et reprehensiones Sebastiani Castellionis, 1563 (sur la traduction latine du Nouveau Testament)
Ad Brentii argumenta, 1565 (contre Joannes Brenz et les ubiquitaires)
Tractatus tres, 1565 (contre les antitrinitaires et les ubiquitaires)
Contre Claude de Sainctes, 1567 (sur la Cène)
Contre Nicolas Selnecker, 1571, 1572, 1573
Adversus sacramentariorum errorem, 1574 (sur la Cène)
Contre Jakob Andreae et Nicolas Selnecker, 1578
De corporis Christi omnipresentia sive ubiquitate, 1578
Contre Jodocus Harchius, 1580 (sur la Cène)
Pro corporis Christi veritate, 1581 (contre Wilhelm Holder et Jakob Andreae)
Contre Hofman, Pt. 1 (1584), Pt. 2 (1585, 1586)
Colloque de Montbéliard (1586)
Actes du colloque de Montbéliard, 1587, 1588, t. 1 et t. 2
Ad acta colloquii Montisbelgardensis Tubingae edita responsio, 1588, t. 1 et t. 2
Réponse aux Actes de la conférence de Montbéliard, 1589 (traduction du précédent)
Apologia pro justificatione, 1592 (contre Antoine de Lescaille)
Réponse pour la justification, 1592 (traduction du précédent)
Tractatus pius et moderatus de vera excommunicatione, 1590 (contre Thomas Lieber, alias Eraste)
De ministrorum Evangelii gradibus, 1592 (contre Adrien Saravia)
De controversiis in coena Domini, 1593
Sermons et leçons
Sermons sur le Cantique des Cantiques, 1586
Sermons sur l’Ecclésiaste (en latin), 1588, 1598
Commentaires sur Job, 1589
Sermons sur la Passion, 1592, 1598
In historiam Passionis, 1592, 1598 (traduction du précédent)
Sermons sur la Résurrection, 1593, 1598, 1609
In historiam resurrectionis, 1593 (traduction du précédent)
LANGUE
Alphabetum graecum, 1554
Graecae grammatices, 1568, t. 1 et t. 2
De francicae linguae recta pronuntiatione, 1584
De vera pronuntiatione graecae et latinae linguae, 1587
TRADUCTIONS
Nouveau Testament latin
Editions in-folio (grandes annotations) : 1556 (1re éd.), 1565 (2e éd.), 1582 (3e éd.), 1588 (4e éd.), 1598 (5e éd.)
Editions in-8° (notes succinctes) : 1565 (1re éd.), 1575 (2e éd.), 1580 (3e éd.), 1590 (4e éd.), 1603, 1604
Annotationes in Novum Testamentum, 1594
Autres traductions
Heinrich Bullinger, La Perfection des chrétiens, 1552, 1557 (traduit du latin)
Confession et simple exposition, 1566 (traduction de la Confessio Helvetica posterior)
Athanase, Dialogi de Sancta Trinitate, 1570 (traduit du grec)
Théodore de Rhaïtou, Libellus adversus haereses, 1576 (traduit du grec)
Psaumes en vers français (avec Clément Marot), 1551, 1553, 1554, 1556, 1558, 1562, 1563, 1565, 1566, 1568, 1576, 1577, 1580, 1585, 1587, 1589, 1596, 1597
Psaumes en vers latins, 1579, 1580
Canticum Canticorum Solomonis, 1584
Cantiques en vers latins, 1595, 1597
Contre Gilbert Génébrard, 1585 (à propos des Cantiques en vers latins)
DIVERS
De peste, 1579, 1580
Antoine de La Faye, De vita et obitu Theodori Bezae, 1606
Antoine de La Faye, Bref discours de la vie et mort de Théodore de Bèze, 1610