Le site de la collection du FMAC présente l'intégralité des quelque 2'400 acquisitions effectuées depuis 1950, y compris les interventions artistiques intégrées à l'architecture ou disposées sur le domaine public, et propose à l’internaute un outil de recherche et de consultation pour découvrir les œuvres et artistes. Chaque visiteur peut prendre connaissance des descriptions des œuvres – parfois agrémentées de biographies d’artiste et d’explications sur les réalisations artistiques et leur contexte de création (par exemple pour les interventions dans l’espace public) –, des bibliographies choisies, chaque pièce étant accompagnée par une ou plusieurs reproductions correspondantes. Le site offre également la possibilité de visionner un extrait d'une minute pour les vidéos et films de la collection. Quant aux œuvres situées dans la ville et accessibles au public, un système de repérage permet de les localiser sur un plan de Genève.
Véritable outil de recherche à travers la collection, le site offre diverses alternatives de navigation : soit celle d’effectuer une recherche libre (pratique pour les initiés), soit celle de suivre quatre axes d’orientation proposés : par auteur/artiste, par année d’acquisition, par catégorie (installation, objet, sculpture / peinture, dessin, estampe / photographie / vidéo, film, art numérique / domaine public) ou par localisation (uniquement pour les œuvres accessibles sur le domaine public).
Chaque descriptif comprend les informations suivantes, lorsqu’elles existent : les prénom et nom de l’artiste, ainsi que le lieu et la date de naissance et de décès, le titre de l’œuvre, la date de création et de réalisation, la dénomination de l’œuvre, de l’ensemble ou d’une partie d’un ensemble, la technique de fabrication, les dimensions (la durée pour les vidéos), la nature des inscriptions relevées sur l’œuvre, la source d’acquisition pour les dons ou le partenaire d’acquisition (pour les œuvres acquises en commun), la localisation de l’œuvre (uniquement pour les œuvres situées dans l’espace public, visibles ou accessibles en permanence), l’année d’acquisition ainsi que le numéro d’inventaire (identifiant unique de l’œuvre dans la collection).