Parmi les plus importants fonds publics suisses, les Beaux-Arts conservent des œuvres représentatives des mouvements fondamentaux de l’art occidental du XVe au XXe siècle (6200 peintures, 1400 sculptures). Ce fonds a pour spécificités le portrait et le paysage de l’école genevoise, des écoles italienne, hollandaise et flamande des XVIe et XVIIe siècles, ainsi que de l’école française des XVIIe et XVIIIe siècles. L’impressionnisme, le symbolisme, les avant-gardes du début du XXe siècle et le Nouveau Réalisme font partie des mouvements bien représentés, tout comme les artistes Jean-Étienne Liotard, Alexandre Calame, Camille Corot, Ferdinand Hodler, Félix Vallotton ou encore Bram Van Velde au travers d’importants ensembles monographiques. Ces artistes figurent aussi aux côtés de Jean-Pierre Saint-Ours, Rodolphe Töpffer et Carlos Schwabe dans la collection d'Arts graphiques.

Ce fond regroupe 25'000 dessins et pastels et 350'000 estampes, multiples, photographies et livres d'artistes. L’essentiel des grands développements artistiques du XVe siècle à nos jours peuvent y être retracés : aux importants fonds flamands et hollandais (Goltzius et l’école de Haarlem, Rembrandt), français (Boucher, Corot, Redon), anglais (Hogarth, Earlom, Etching Revival) ou encore allemands (Dürer, Baselitz, Hartung) et italiens (Tiepolo, Piranèse) s’ajoutent une abondante collection de pastels du XVIIIe siècle, des ensembles relatifs aux avant-gardes russes et hongroises, un fonds de miniatures persanes, sans oublier des ensembles exhaustifs de John M Armleder, Markus Raetz et Franz Gertsch.

Grâce à la générosité et la curiosité des Genevois qui s’intéressent, dès le milieu du XVIe siècle, aux cultures anciennes, le MAH se place au premier rang des musées suisses pour ce qui concerne l’Antiquité. Les statues, sarcophages, reliefs, inscriptions, céramiques et monnaies du domaine Archéologie dessinent sur plusieurs millénaires les contours des civilisations préhistoriques régionales, étrusques, romaines, grecques et égyptiennes ainsi que de la Nubie et du Proche-Orient (20'000 objets de l'Antiquité classique, 8000 objets d'Égypte et de Nubie, 2000 objets du Proche-Orient, 47'000 objets liés à la Préhistoire, 100'000 monnaies et médailles).

L’esprit encyclopédique du musée tient également dans ses pièces très diversifiées d'arts appliqués couvrant les champs des arts des métaux précieux, des instruments de musique anciens, des textiles, du mobilier, des armes et armures ainsi que de l'art médiéval. Le monde chrétien d’Orient y occupe une place importante, en particulier les arts copte et byzantin (23'000 objets décoratifs et utilitaires, 6000 armures et armes anciennes, 900 instruments de musique).

Enfin, le domaine Horlogerie, émaillerie, bijouterie et miniatures fait honneur à l'horlogerie genevoise (montres décorées d'émaux, chefs-d’œuvre compliqués) et aux spécialités suisses (montre-bijou de petite taille ou de forme fantaisie, mécanismes à musique et à automates). La pendulerie française, avec ses grands horlogers (Breguet, Leroy, Lépine, etc.), tient aussi une place de choix, tandis que les miniatures sur émail, ivoire ou sur vélin soulignent la dextérité des artistes genevois et européens. À la suite d’un cambriolage, en 2002, suivi de la fermeture du Musée de l’horlogerie et de l’émaillerie, ces pièces ne sont plus présentées au public. Le catalogue raisonné des œuvres dérobées est téléchargeable ici (20'000 montres, pendules, outils, bijoux, bibelots, émaux et miniatures).

Régulièrement nourri par de nouvelles acquisitions ciblées, le fonds de livres précieux de la Bibliothèque d’art et d’archéologie réunit livres anciens, ouvrages illustrés pour bibliophiles, livres d’artiste et livres-objets de créateurs suisses et étrangers (11'000 volumes anciens, 6000 livres d’artistes, 500'000 livres, catalogues et ressources numériques).