Le CCO développe des documents ainsi que des outils de référence afin d'améliorer l'état de protection des chauves-souris en Suisse:

• Modélisation de couloirs de vol potentiels pour les chauves-souris (couche SIG sur VDC et géodonnées via Infospecies)
• Carte des gîtes prioritaires de chauves-souris (couche SIG sur VDC)
• Pré-expertises lors de projets portant sur des grandes infrastructures (canevas d'étude)
• Conservation des chauves-souris dans le cadre de la planification de l'aménagement et de l'assainissement des infrastructures de transport (Publication avec l'OFEV)
• Fiches de présentation des espèces suisses de chauves-souris

Le CCO développe des documents de référence dans l'objectif d'améliorer l'état de protection des chauves-souris en bâtiments et limiter l'impact des infrastructures. Ces documents sont à disposition ici:

• Bâtiments - Liste des produits de traitement de charpente agréés
• Bâtiments - Fiche: les chauves-souris et les bâtiments
• Infrastructures - Fiche: les chauves-souris et les ponts

De 1985 à 2013, le Muséum d'histoire naturelle de la Ville de Genève et le CCO ont édité Le Rhinolophe, un périodique scientifique entièrement consacré aux chauves-souris:

• LE RHINOLOPHE (un périodique scientifique entièrement consacré aux chauves-souris, 1985-2013)